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分子蒸馏技术作为一种与同步的高新分离技术，具有其它分离技术*的优点:
1、操作温度低(远低于沸点)、真空度高(空载≤1笔补)、受热时间短(以秒计)、分离效率高等，特别适宜于高沸点、热敏性、易氧化物质的分离;
2、可有效地脱除低分子物质(脱臭)、重分子物质(脱色)及脱除混合物中杂质;
3、其分离过程为物理分离过程，可很好地保护被分离物质不被污染，特别是可保持天然提取物的原来品质;
4 、分离程度高，高于传统蒸馏及普通的薄膜蒸发器。

物料从短程分子蒸馏仪的顶部加入，经转子上的料液分布器将其连续均匀地分布在加热面上，随即刮膜器将料液刮成一层极薄、呈湍流状的液膜，并以螺旋状向下推进。在此过程中，从加热面上逸出的轻分子，经过短的路线和几乎未经碰撞就到内置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通过位于底部的出料管排出；残液即重分子在加热区下的圆形通道中收集，再通过侧面的出料管中流出。